L'origine della raccolta dei manoscritti della Biblioteca nazionale di Napoli quale adesso si configura, si può far risalire agli ultimi decenni del Settecento quando, con un decreto di Ferdinando IV di Borbone, fu istituita la Reale Biblioteca di Napoli e fu avviato il trasferimento nella sede del Palazzo degli Studi delle raccolte librarie fino ad allora dislocate nella reggia di Capodimonte. Tra i diversi fondi che andarono a costituire il nuovo istituto va prima di tutto ricordata la celebre collezione farnesiana, quella che, avviata da Alessandro Farnese, il futuro papa Paolo III, ed accresciuta dai suoi nipoti, fu fatta trasferire a Napoli da Carlo di Borbone nel 1734. A differenza di altre raccolte librarie formatesi nel corso del sedicesimo secolo, la farnesiana non era una biblioteca di collezionisti. Apparteneva ad appassionati studiosi ed aveva avuto come bibliotecario un uomo di profonda cultura come Fulvio Orsini. Non meraviglia quindi che tra i suoi manoscritti si ritrovino non solo bei codici miniati, ma anche volumi di significativa importanza per lo studio degli autori classici. Ricordiamo il Festo, utilizzato dall'Orsini per l'edizione del 1581, il Plinio, di cui Giovan Marco Cinico nel 1465 trascrisse le seicentotrentanove carte in centoventi giorni, il Virgilio, splendido codice miniato appartenuto al cardinale Trivulzio e testimone unico di parte dell'Appendix. Con i manoscritti farnesiani si unirono a formare la raccolta della Real Biblioteca quelli del principe di Tarsia, i codici appartenuti a monsignor Cavalieri, vescovo di Troia, i manoscritti raccolti nelle province del Regno da Pasquale Baffi, Andrea Belli e Francesco Saverio Gualtieri e, dopo la loro espulsione dal Regno, le raccolte librarie dei gesuiti. Nel tempo un prezioso e significativo incremento fu costituito dalle biblioteche degli ordini religiosi che furono soppressi a più riprese fino all'Unità d'Italia. Tra le soppressioni seguite alla fine della Repubblica partenopea che portarono alla biblioteca fondi di particolare rilievo, va ricordata quella del convento agostiniano di San Giovanni a Carbonara. Appartenuta a Girolamo Seripando, il Generale degli agostiniani che era stato legato apostolico al Concilio di Trento, e da lui donata al convento napoletano, la biblioteca comprendeva anche i libri dell'umanista cosentino Aulo Giano Parrasio, che ne aveva fatto erede Antonio Seripando e che da lui erano stati lasciati al fratello Girolamo. Acquisti e donazioni hanno reso poi la raccolta dei manoscritti della Nazionale di Napoli, nel corso di due secoli, una delle collezioni più importanti tra quelle esistenti non solo in Italia, ma anche in Europa. Una raccolta nella quale è possibile trovare testimonianze della storia della cultura che si collocano in un arco di tempo che va dai primi secoli dopo Cristo fino ai nostri giorni, grazie anche alle recenti acquisizioni degli archivi Marone, Ricciardi, Morelli. Vi sono presenti cimeli che vanno dai preziosi palinsesti bobbiensi al Libro d'ore di Alfonso d'Aragona e al Breviario di suo figlio Ferrante; dai due Evangelari purpurei - il più antico, dell'inizio del V secolo, in caratteri latini in argento, il più recente, della fine del IX secolo, in lettere greche tracciate in oro - fino al più antico testimone miniato delle Metamorfosi di Ovidio. Ed ancora il codice Flora, libro d'ore di scuola franco-fiamminga, nella cui decorazione i motivi fitomorfi che la caratterizzano sono articolati in composizioni sempre diverse; la Cosmographia di Claudio Tolomeo, manoscritto miniato di provenienza farnesiana, nelle cui tavole è 'fotografato' il mondo quale era conosciuto nell'imminenza della scoperta dell'America; i due esemplari miniati del Libro dei re, il poema epico persiano; la Carta catalana, cimelio cartografico dell'inizio del XV secolo. E se il volume dell'Erbario secco di Ferrante Imperato - il solo sfuggito alla distruzione, avvenuta nel 1799, degli esemplari superstiti dell'intera raccolta - testimonia le conoscenze botaniche della cultura napoletana della fine del XVI secolo, il codice di Dioscoride ci riporta indietro nel tempo illustrando, con testi ed immagini, la farmacopea del VI secolo dopo Cristo. Di grande importanza è anche la raccolta degli autografi posseduti dalla biblioteca: il codice di mano di San Tommaso d'Aquino, proveniente dal convento di San Domenico Maggiore ed i cui frammenti venivano donati al popolo come reliquie; le Antichità di Pirro Ligorio; i versi di Ariosto; la Gerusalemme conquistata di Tasso; gli scritti di Vico; i Canti, le Operette morali, lo Zibaldone, tra i tanti, di Giacomo Leopardi. Ed ancora le testimonianze di Monticelli, Cotugno, De Sanctis, Croce fino a quelle di contemporanei come Giuseppe Ungaretti. Merita inoltre una particolare segnalazione il gruppo non esiguo di manoscritti di natura propriamente archivistica, tra cui vanno ricordati non solo documenti famosi come il Registro dei privilegi di Ferrante II d'Aragona, ma anche diplomi, pergamene, relazioni, memorie, raccolte di dispacci.